仔豬腹瀉的治療應采取綜合性、全面性的措施，治療時應清除胃腸內的異常有害物。抗菌、消炎、收斂、補液、調整體內酸堿平衡、強胃健脾為主要原則。使用抗生素防止繼發感染，注射或口服慶大霉素、新霉素、乙酰甲喹以及喹諾酮類藥物等。對病情嚴重仔豬肌注豬用干擾素、白細胞介素等，配合補液鹽水與注射阿托品制劑，可有效降低仔豬死亡率。
1、穴位注射療法，推薦方劑：頭孢曲松鈉+ 阿米卡星注射液+ 黃芪多糖注射液混合，后海穴注射。注射器抽取藥物后于仔豬后海穴稍向前上方刺入2到3厘米處注射藥液。每天2次，連用3天。
2、補液療法
輸液可以起到提供能量、改善血液循環的作用，根據病仔豬不同情況采取不同的補液方式。
(1)靜脈注射：氯化鈉注射液+ 維生素C + 慶大霉素，每天兩次，連用三天。
(2)腹腔注射：復合維生素B+維生素C+肌酐+輔酶A+ 黃芪多糖+葡萄糖注射液混合。每頭仔豬腹腔注射20毫升混合液，每天一次，連用三天。注射時將仔豬倒立保定，在倒數第2對乳頭外1厘米處，碘酊消毒后將注射器垂直扎入，有落空感且回抽注射器，觀察沒有異常則表示所注射位置安全，可以注射。
(3)飲水治療：飲水中添加電解多維+小蘇打+口服補液鹽+新霉素，使用劑量參考產品說明書，連飲3天。或者每1千克水中加葡萄糖20克+ 氯化鈉3.5克+ 氯化鉀1.5克+ 小蘇打2.5克，連用3天。豬病通執業獸醫師在此提醒，飲水要保證清潔，做到少加勤添。
